《刺客信条：黑旗 记忆重置》在重制游戏画面的同时，还增加了新主线与支线任务。在剧情上，开发商育碧新加坡创意总监Paul Fu表示《刺客信条：黑旗 记忆重置》将添加一个全新的结局。同时其解释删除现代线是为了游戏“现代化”。

Paul Fu表示《刺客信条：黑旗 记忆重置》将添加一个名为“没有黄金的世界”(A World Without Gold)结局章节，并增加一个新结局场景。这个结局章节由原版与重制版编剧达比·麦克德维特(Darby McDevitt)撰写剧情，将包含一个重要角色的“感人故事”。从这个章节名称看，这个重要角色的人选对老玩家来说并不陌生，而原版则是在最后阶段才揭晓这一内容。将游戏流程节奏更改很可能是为了衔接之后官方添加的海盗猎人“日后谈”内容。

同时Paul Fu解释删除原版游戏的现代线剧情是因为如今系列现代叙事风格已然大变，保留旧版现代剧情会显得画风割裂突兀。所以他们认为最正确的方式就是按照《刺客信条：影》的“现代”制作思路。